NIK podkreśla przy tym, że w dyspozycji zarówno Ministra Gospodarki jak i Ministra Energii znajdowały się dokumenty zawierające prognozę zapotrzebowania na paliwa i energię oraz oddziaływania na środowisko projektu pierwszej polskiej elektrowni jądrowej, przygotowanych w ramach prac nad projektem Polityki Energetycznej Polski do 2050 r., a ministrowie dysponowali również analizami ekonomicznymi, w których formułowano pozytywne wnioski odnośnie rozwoju energetyki jądrowej w Polsce. NIK zaznacza również, że dysponowano także pozytywnymi wynikami badań opinii społecznej odnośnie wstępnie wytypowanych lokalizacji pod budowę elektrowni jądrowej oraz społeczną akceptację tego projektu.
W ocenie NIK działania ujęte w PPEJ, przypisane do realizacji przez administrację rządową w tym MG i ME, związane zwłaszcza z budową otoczenia prawnego – zostały wykonane w stopniu umożliwiającym podjęcie prac przygotowawczych do rozpoczęcia budowy elektrowni jądrowej. Nie zostały jednak podjęte strategiczne decyzje, co do wyboru technologii budowy elektrowni jądrowej, wykonawcy tej inwestycji oraz przyjętego modelu jej finansowania – co spowodowało kilkuletnie opóźnienie, a w konsekwencji dezaktualizacje programu.
Z informacji NIK wynika, że w latach 2014-2016 na realizację działań ujętych w PPEJ przez administrację państwową wydatkowano środki budżetowe w łącznej kwocie 59,8 mln zł, z czego 25,1mln w 2014 r, 31,9 mln w 2015 r. i 2,7 mln w 2016 r. Jednocześnie jak podaje NIK PGE oraz PGE EJ1 w związku z przygotowaniem i realizacją PPEJ wydały łącznie 293,5 mln zł, z tego 116,8 mln zł wydano na realizację działań, a 176,6 mln na koszty działalności PGE EJ1.
We wnioskach pokontrolnych NIK postuluje między innymi wprowadzenie uprawnienia dla Ministra Energii, w ramach przygotowywanej aktualizacji PPEJ, umożliwiającego realne wypełnianie funkcji koordynatora tego Programu. Izba zaleca też nawiązanie ścisłej współpracy z inwestorem przy opracowaniu propozycji wyboru modelu finansowania budowy, eksploatacji i likwidacji elektrowni jądrowej, przed przedstawieniem tego modelu do zatwierdzenia przez Radę Ministrów.